十三、一路到曹溪
大師到了圓中，讀《圓覺經》時作了一篇四相章：
一、我相
鐘鼓鈴鑼不斷聲，聲聲日夜說無生。
可憐醉生夢死宕，鏡裏相看涕淚傾。
二、人相
突兀巑岏聳鐵城，刀林劍樹冷如冰。
誰知火向冰山發，燒盡冰山火不生。
三、眾生相
鐵門緊閉杳難開，關鎖重重亦苦哉。
可怪呻吟長夜客，不知因甚此中來。
四、壽者相
一條血棒太無情，觸著須教斷死生。
痛到切心酸鼻處，方知王法甚分明。
出了圜中，路過長安市，又作了四首詩：
（一）
長安風月古今同，紫陌紅塵路不窮。
最是喚人親切處，一聲雞唱五更鐘。
（二）
體苦虛空自等閒，纖塵不隔萬重山。
可憐白日青大客，眼睜睜歎路艱。
（三）
飄風驟雨一時來，無限行人眼不開。
忽爾雨收雲散盡，大虛原自絕塵埃。
（四）
空裏乾城野馬人，目前彷彿如煙村。
直須走人城中看，聲色原來不是真。
這詩中的禪味法味，耐人尋思。
第二年正月，大師渡過文江，訪問了鄒給諫。廬陵的大行王性海，拜謁大師在文江畔，請大師為《楞伽經》作註。二月，大師上大庾嶺，在嶺頭觀看了惠明奪衣缽的遺址，並作了一旨詩吊念，其中有：「翻思昔日宵行客，何似今朝度嶺心」的句子。大師見行人度嶺艱難，汗流滿身，就囑咐一位行人，要他設立一座茶庵在嶺頭。又見山路崎嶇難行，勸人修造山路，幾年後這條山路即成平坦了。
大師到韶陽，入山禮六祖大師。當他喝了一口曹溪水時，內心感慨地吟了一首詩：
曹溪滴水自靈源，流入滄溟浪抽天。
多少魚龍從變化，源頭一脈尚冷然。
大師到了祖庭時，看見一片凋蔽不堪的樣子，只得懷著淒涼的心情離去。到了五羊，大師身穿充軍的囚服朝見了大將。大將軍親自替他鬆了縛，又以齋食供養他，晚上就宿在海珠寺。
大師住下後，一位常講陰陽之學的周鼎石先生，一天率門生數十人來訪大師。談話間，周先生提出「通乎晝夜之道而知」的《周易》論題，其中一位老道長提出自己的見解說：「人人都有知覺，日間應付事務的是這個知覺，夜裏做夢的也是這個知覺，所以說：『通乎晝夜之道而知』」。周先生說：「大家都這樣說，我心裏認為不一定如此。」又問大師：「老禪師，請見教！」大師問：「這句話出那部典籍？」周先生回答說：「《易經》的系辭，」接著便把系辭的章句連續了幾句。大師聽後說：「這是聖人指示人要悟不屬生死的一著。」周先生一聽，立即拍案叫好，說：「還是老禪師指示的親切！」大家聽了都覺罔然，紛紛提出問題。周先生解釋道：「死生即是晝夜之道，通達於晝夜，就不屬於晝夜了。」這樣一說，滿座歎服。
三月十日，大師抵雷州，住在城西的古寺裏。
四月一日，大師開始著手註《楞伽經》。
這年雷州鬧饑荒，疫癘橫發，經年不下雨，死傷不可勝計。大師所住之處，好像尸陀林一樣，到處都是屍體，因為有法力加持，才得安穩無礙。天時乾旱得連井水也都枯竭了，隨從大師的侍者福善，在半夜時等了一罐井水，以充一日之渴。
到了七月，城內外橫屍遍地，大師勸人收拾掩埋了數以萬計的屍體，又為當地百姓作濟度道場，道場的儀式完畢，天即下起傾盆大雨，地面上的雨水上漲了三尺，從此厲氣即解，百姓於是得救。
第二年正月，會城也死傷了許多人，屍體遍地暴露。大師命人收拾掩理了數以千計的屍體，又建了普濟道場七晝夜，會城也便安寧下去。以前廣東人士多不知有佛教，自大師教化以來，有根多人皈依了三寶。
四月，大師寫成《楞伽筆記》。因為皈依大師的許多讀書人士未入佛理，大師又為他們撰寫《中庸直措》，發揮佛法的道理。
大師初到五羊時，上下官員見大師是帶罪的僧人，都很輕視。當時的制台大同馬陳罔如，對軍法極嚴格，大師也沒去見他，但陳大司馬卻常派人侍候大師。這年九月，大師同丁右武去拜訪他，門役回說不見，大師只得折回。晚上陳大司馬親到船中拜訪大師，還攜帶了茶點，一直談到三更。大師非凡的才能，使在座的大為驚佩。此後，陳大司馬對部下極力稱讚說：「憨山大師是僧中的麟鳳啊！」又下今讓三司往拜大師。從此，嶺南都知道大師是十分有德行的高僧，同時也知道恭敬三寶了。
十四、曹溪風景
萬曆二十六年（一五九八），大師五十三歲。正月來了一位侍禦軒樊，因堅持建立太子為副主的意見，被貶摘雷陽。他來到五羊訪大師，大師正在校對《楞伽筆記》。軒樊問大師：「雷陽風景如何？」大師拈起經卷說：「這就是雷陽風景啊！」軒樊聽了驚歎大師非凡的胸懷，即為大師薦募集資金，刻印《楞伽筆記》。
有一儒生龍璋，一次聽到大師議論佛法，心裏非常驚異，回去對他的朋友王安舜、馮昌功說：「北來的一位禪師，說佛法很奇異。」這二位聽後即來向大師請教，大師對他們開示了禪宗的向上一著。他們聽後即深信不疑，切志於禪宗的參究。從此，五羊在這三人的帶領下，來皈依大師的人日益增多。
大師常常回憶起達觀大師許下的誦經之願，但因一直沒有條件，所以未能遂願。到了夏天，大師在山岩疊壁之間建了一座禪室，模仿大慧禪師冠巾說法的事蹟，召集了舊日皈依的弟子，一邊誦經一邊為弟子說法，當誦到「見寶塔品」時，忽然悟入佛陀的深意即是指娑婆世界人人目的便是華藏，但須「三變」的目的，特為劣根人漸示一斑罷了。於是立即著手寫了一部《法華擊節》。
大師的弟子丁右武，生性急烈，為人慷慨，但只知敬僧，不知有佛法。他將要回家去時，大師送他到船，並重下鉗錘，這時丁右武幡然大悟。大師替他取了一個號叫「覺非居士」，又作了一篇《澄心銘》警策他：
真性湛淵，如澄止水；僧愛擊之，煩惱浪起。
起之不休，自性渾濁；煩惱無明，愈增不覺。
以我取彼，如泥入水；以彼動我，如膏益火。
彼亂我真，亂實我生；我苦不生，劫燒成冰。
是故至人，先空我相；我相若空，彼從何障。
忘我之功，在乎堅忍；習氣才發，忽然猛省。
省處即覺，一念回光；掃蹤絕跡，當下清涼。
清涼寂靜，挺然獨立：恬澹怡神，物無與敵。
第二年春，《楞伽筆記》刻成，大師為弟子講了一遍後，印了一百多部，遍送海內外佛教界的善知識和護法宰宜。
廣東風俗好殺，到了中元節，家家都要殺牲口祭先輩。這時節，市場上牲口堆積如山，真是慘不忍睹。大師此時建了盂蘭盆會，又講解了《孝衡鈔》，勸大家齋僧、放生，用蔬食祭先輩，聽從的人很多。從此凡遇喪祭大事，父母壽日，或者祈禳，或者拜懺，都放生素齋，後來還成立了放生會。佛法的慈悲救世精神，在大師的倡導下，逐漸在這裏生根發芽。
萬曆二十八年，權使初出朝廷，橫行於民間，加上日本入侵，人心惶惶不安。大師見局勢不便於弘法活動，即分散了弟子們，獨自閉關絕跡，深藏以避擾亂。
會城一帶因荒年而糧食不足，常從福建用白艚運米，時值地方混亂，大家只恐商人乘機提價，百姓都為此事擔心。
會城大將軍的公子即將外出，停船在海邊，這時湊巧有幾隻白艚也停在公子船旁。稅使早已蓄謀打擊大將軍，便藉口這幾隻白臘是大將軍為公子送行的，集合幾千個市民，投擲磚石，打破了公子的船隻。他們又圍住師府，持刀相逼，情況十分危急。這時正巧三司府縣的官員都赴端州行節禮去了，會城沒有一個正官，如果再無人解救，危險就在呼吸了。
大將軍無決解圍，即派中軍到大師關前求解，大師不答應，說：「我並沒有什麼神術。」中軍跪下哭泣說：「大師即使不考慮兵主的安危，難道就不考慮地方生靈的死活嗎？」大師聽他這麼一說，心中不禁惕然，即刻起身到稅使處，從容勸化，開曉其意。稅使聽大師一勸，果然明白了道理，願意去招安百姓，解散亂民。這時，大師先來到亂民前說：「你們今天所要求的，無非是想吃價格便宜的米，但如果今天犯了大法，就會有殺頭的危險，即使有了價格便宜的米，誰來吃呢？」亂民聽了都覺愕然，頃刻之間，帥府之圍即解開了，父老們都十分感激大師。
這時三司官員正在軍門嗆飯，聽說市民作亂，都放下碗筷，一齊趕到會城，見亂民已散，心裏才鬆了一口氣。
秋天，南韶觀察使祝惺存，請大師入曹溪祖庭，大師乘興而入，看見四方流棍集於山門，打賭的，開酒食店的，無所不有，環境被搞得非常穢汙。這積弊己有百年之久了，更可歎的是，墳墓占了祖山，僧產多被侵佔，並且寺中惡僧勾合外棍挾騙寺產，寺中僧人沒有一個敢正視現狀。大師不禁歎息說：「這是心腹之患啊！假使不除去，那六租的道場終將化為狐窟，永遠不可藥救了。怎麼辦呢？我即使住在這裏又有何用？」大師考慮了半天，只得去告訴戴制台，戴說：「這事好辦，我試為大師去做。」即下令本縣坐守，限三天內把流棍全部驅逐，不留一人，拆除店鋪，不存片瓦。從此，曹溪山門的積垢如洗，又恢復了往日的清淨。
戴制台留大師過齋，談話間制台說：「六祖道場的腥膻，我已為大師洗淨了，目前地方生靈塗炭，大菩薩有何慈悲之法來救濟呢？」大師問：「這是什麼意思？」制台說：「這一帶海上有一夥強盜，他們擁有採珠船千艘。近來欽差奉旨採珠，又資助了他們的勢力。採珠結束後，他們橫行於海上，到處劫掠，這是第一。第二是地方開礦，朝廷採役橫暴亂來，挖掘墳墓，破壞百姓的財產，百姓處處遭受毒害，這比強盜的劫掠更殘酷，有上述這二害，所以百姓不能安寧地生活，請問大師如何處置呢？」大師回答說：「此事不容易，慢慢地再想辦法吧！」
朝廷派來的李採礦使，對佛教頗有信心，這年秋天他到曹溪進香，在山住了好幾天，大師對他開示了佛法，他聽了非常高興。大師勸他做重興祖庭的布金擅越，他慨然獨力承擔。大師又暗中對他說：「開採礦山對地方百姓損害很大，這大概不是皇上的本意吧？請你把採礦的船隻約束以期限，往來超過期限的就處以罪，礦一採完，應儘快地撤除差役，使他們無害於百姓，可以嗎？」李採使聽了唯唯應諾。回去之後就力行約束，從此山海地萬就安寧下來。
戴制台很感激大師的幫助，寫信感謝大師說：「今天我才知道佛祖的慈悲廣大！」因為這樣他護法的信心更切了。大師也因為有他們的幫助能夠在曹溪安心弘法。大師開闢了祖庭，改修道路，選擇優秀的僧人授戒，設立教育沙彌的義學。又設方了庫司，清規。查閱了租課，贖回了僧產。僅在一年之間，百廢俱興。
第二年，大師重修祖殿，改路徑，辟神道，移僧居，拓禪堂，又創立了新的清規。
十五、達觀大師的逝世
萬曆三十一年秋（一六零三），大師在曹溪寫信給達觀大師，請他來重興祖庭，但因發生了震動中外的「妖書事件」，達觀大師不幸被捕入獄。所謂「妖書」即達觀大師要求朝廷減免礦稅的諫文，因為奸臣的挑撥，所以一片為國民的忠心，竟被冤屈入獄。
這時，執政者想把達觀大師處死。達觀大師說：「世法如此，久住何為！」就洗了浴，點起油燈，端坐說了一首偈：
一笑由來別有因，那知大塊不染塵；
從玆收拾娘生足，鐵橛花開不待春。
說畢即溘然而逝。達觀大師的近侍曹學程，聽說達觀大師已逝，急忙赴到，見師端坐不動，就撫著師的背說：「師父去得好！」達觀大師又開目微笑而別。這時年齡只有六十一歲，他這樣灑脫自在的了脫，使朝野上下聞之，無不歎服。
憨山大師聽到達觀大師逝世的消息，便想趕去吊唁，但因路途遙遠，未能如願。大師從南嶽啟程，經過數千里的長途跋涉，終於趕上荼毗法會上，大師舉起火把說：
「性火真空，性空真火，狹路相逢，定沒處躲。恭維紫柏尊者，達觀大和尚，偶來人世，誤落塵寰。赤力力，脫盡娘生花衫；光礫爍，露出本來面目。荷擔正法，純剛就練就肩頭；徹底為人，生鐵鑄成肝膽。生死路上，直往直來；今事門頭，半開半掩。六十餘年松風水月襟懷；千七百則兔角龜毛在仗。饒地未後風流，未免藏頭露尾。撇下髒私，誰料落在憨山道人手中，今日恃為人天眾前，當場拈出，大眾還見嗎？」大師用火把畫了個O相，又說：
柱杖挑開雙徑雲，通身湧出光明藏。
珍重諸人著眼看，這回始信無遮障。
荼毗了達觀大師後，大師和達觀大師的弟子們將達觀大師的舍利安置在塔中，憨山大師又作了一篇塔銘，其中說：「師誕生後，五歲不語，一僧過門，摩其頂而謂其父曰：『此兒出家當為人天師。』言訖忽然不見，師逐能語。髻年，性慷慨激烈，婦女無敢近。年十七，欲仗劍北遊，至蘇州閶門，天下雨，值虎丘僧明覺，見師少年不群，心異之，因與同蓋，歸寺餐宿。師夜聞誦八十八佛名經，侵晨，即解腰纏十餘金，請剃發，禮明覺為師，往來三吳間。
「一日辭明覺師去，聞僧誦張拙見道偈，至『斷除妄想重增病，趨向真如亦是邪』遂大疑之。每至一處，輒書二語於壁間，疑至頭面俱腫。一日齋次，忽悟，頭面立消，自是陵躒諸方。
「過匡山，窮相宗奧義。一日行二十里，足痛，師以石砥腳底，至日行二百里，乃止。遊五台，至京師，參遍融大長老，留住掛搭。遍參笑岩、暹理諸善知識。
「見大千潤公，上堂講公案，以口耳為心印，以帕子為真傳，師歎曰：『西來意果如是乎？』遂不入眾。南還，至嘉禾，有密藏道開，南昌人，棄青衿出家，依師為侍者。郡城有楞嚴寺，為長水疏經處，久廢。師與太宰陸五台公光祖心契，始議恢復，建禪堂五楹。成日，師行錐刺臂血盈盂，書一聯云：
若不窮心，坐禪徒增業苦。
如能護念，呵佛猶益真修。
「師念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有終身不聞佛法名字者。欲刻方冊，易於流通，普使見聞，作金。剛種子，即有謗者，罪當自代，遂倡緣。」
達觀大師在一些居士的幫助下，大量印刷了佛經方冊的單行本，便於流通，易於翻閱，對佛教的傳播產生了不可估計的作用。
塔銘中接著說：「師即刻藏嘉禾，有成議，」乃返吳門，省的得度師覺公，已還俗，以醫名。師乃詐姓名，稱病舟中。延明覺和尚珍視，覺見師，大驚，師即涕泣，勸之剃發。覺慚愧，還執弟子禮。」由此可見達觀大師對師的至誠心和報恩心。
塔銘中又說：「予度嶺南五年，師以予未歸初服（即僧服），每歎曰：法門無人矣！若坐視法幢之摧，則紹隆三寶者，當於何處用心耶？老憨不歸，則我出世一大負，礦稅不止，則我救世一大負；傳燈未續，則我慧命一大負。若釋此三負，當不復走王舍城矣。」
達觀大師時刻念念於懷的，是佛教的興盛、人民的幸福，可他這三負，在他在世時，卻沒有一件能圓滿成功，這責任無疑留給了憨山大師。
十六、風雲歲月
達觀大師逝世後，憨山大師回憶起他曾說過：「楞嚴經七趣因果，世間書籍沒有與它對應的註解。」大師當時說：「春秋正是說明因果的書啊。」於是發心寫《春秋左氏心法》，借發揮因果的道理，彈劾政治上不明因果而致的腐敗，提倡因果乃立世之本。
萬曆三十三年，大師六十歲。這年三月，大師渡過瓊海，訪尋蘇東坡曾在此住過的桄榔庵和白龍泉，又尋找覺范禪師的遣跡，結果沒尋到。晚上住在明昌塔院，寫了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大師遊石山，寫了《瓊海探奇記》和《金栗泉記》。晚上登上郡城，看見城中生氣不佳，立刻對地方人士說：「瓊城將有災難了，你們趕快逃避吧！」但人們都還以為大師在騙他們。當大師收拾行裝準備離城時，郡城的土大夫們苦苦相留，但他無論如何也堅持要去。
第二天大師印渡過瓊海，半個月以後，瓊城即發生強烈的地震。城東的舊壁和門都陷了下去，城中的官舍完全傾塌，明昌塔倒下正壓碎了大師曾居住過的樓房。許多知情人都認為大師有神通。
四月制府檄大師回五羊。七月大師到曹溪。這時祖殿已完成十有六七，修建時欠工料費千金，大師向兩位內使化緣，償還了借款。大師又修建了五羊青門長春庵，作曹溪的廨院，為六祖大師辦供。
萬曆三十四年，神宗皇上的長孫誕生，朝廷大行恩赦，凡在充軍的老年有病者，及有錯貶的，都聽其辯明釋放。大師也在釋放之例。
第二年，大師遷籍曹溪，在山中常為弟子說法。
大師幼年時曾讀《老子．道德經》，因文古意幽，文句艱澀難懂，決心參究其中的義理。後經梢家弟子請求為《道德經》作註，因此，大師從萬曆二十年開始落筆構思，一定到參究透徹才落筆，如有一字未通，決不輕易放過。這樣努力了十五年才完成了《道德經注》。大師曾說過：「我在寫經註解時，總是凝神入觀，體契佛心，到了內心智慧明徹時，才寫在紙上，如果一涉思議，即不中用。」可見大師的文章，都是從般若心中流出的。
萬曆三十六年，大師計劃修建曹溪大殿，化緣金，運木材，都親自奔波。
第二年二月，大師從端州運木材回來，被大風阻在羚羊峽。這時大師漫遊端溪，寫了一篇《夢遊端溪記》。木材運到蒙江，大師先入山，正想召集僧眾搬運木材時，不料有幾個奸僧被奸商所動，出來反對大師，造謠說大師侵吞了常住，並鼓動大眾反對大師，寺內一片喧嘩。大師看到這情況，心中歎息說：「這都是我重建佛教，太著相的過錯啊！」
正當大眾混亂時，大師獨坐在堂上，焚香誦《金剛經》，誦到佛說四見即非四見時，忽然大悟，即下筆寫了一篇《金剛決疑》。稿成時，大眾也寂鋒了，但這幾個奸僧卻上告到按院，按院准其辯明是非。
大師飄然出門到按院聽理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡縣。這時「直指按部」也到郡訪大師，因司理聽信奸僧的誣告，欲加罪於大師，「直指按部」出來反駁說：「大師大有功於六祖，他捨去了自己的一切來振興祖庭，現在奸僧反而得利，這難道是平等法門嗎？」司理只得下放本府嚴究。本府到了曹溪，調查了實際情況，瞭解到大師對常住財物絲毫無犯，本府重怒奸僧，要不是大師的解救，難免一死。
本府見大師如此高潔，再三請大師留住山中，但大師對修建叢林之事已生厭倦，因此力辭。大師把禪堂交付弟子懷遇掌管之後，自己一人飄然長往了。
大師離曹溪時有付弟子詩十絕，錄三首如下：
福田種子要深栽，因果如臨明鏡台。
親到寶山千萬次，這回不可又空回。
功德園林不可輕，腳跟步步要分明。
莫教錯落隨他去，免使盲人又夜行。
少小能存向上心，毫芒終長到千尋。
只須歷盡冰霜苦，姑得成材出郭林。
大師到南嶽時有留給嶺南弟子詩十絕，錄四首如下：
底事分明在己躬，不須向外問窮通。
但能觸處回光照，莫被塵勞困主公。
大道從來絕本真，多因分別強疏親。
直須看破娘生面，方是塵中特達人。
塵勞浪跡久和光，只為拈提此事忙。
千尺釣竿幾斫盡，海天回首更茫茫。
為法甯辭道路賒？空雲瘴海是天涯。
頻將一點曹溪水，灌溉西來五葉花。