閩台佛教關係極為密切，正如連橫在《台灣通史》中所言：「佛教之來，已數百年，其宗派多傳自福建。」

　　台灣廟的創建，與福建人積極參與分不開。台灣早期幾乎所有著名的寺廟都與福建人有關。台灣寺廟始建於明代。泉州禪師肇善因在台福建移民不時燒香祈平安，即從晉江安海龍山寺運去一尊唐代觀音銅像，並於南明永歷七年（1653年）在台灣鹿港創建了龍山寺，以奉所運供的觀音銅像。清乾隆十八年（1753年），仿晉江龍山寺之模式重新擴建，至乾隆五十一年（1786年）建成。鄭成功收復台灣後，不少福建移民遷居台灣，促進了寺廟的建造。鄭氏三代皆敬重佛教，也修建了許多寺廟。清代，流入台灣的福建僧人移民創建了大量的寺廟，如康熙初年，廈門僧人華榮於基隆河左岸大直山麓建造了茅屋，稱觀音寺，後被多次改建和重建，成為台灣著名的劍潭寺。康熙十四年（1675年），福建僧人參微在台灣嘉義創建了碧雲寺。康熙五十八年（1719年），福建僧人一峰在台灣承天府東安坊募建西堂和僧寮。乾隆三年（1738年），泉州一帶移民在台北艋舺興建龍山寺，民國八年（l919年）由廈門去台僧人福智集資再修，不僅成為全台灣最為壯麗的寺院，也被稱為東方最華麗的寺廟，惜毀於戰火。隨著清代大批福建移民進入台灣，台灣又建造了許多寺廟，如位於福建福清黃檗山主峰絳節嶺山麓的黃檗寺，為莆田僧人正干於唐貞元五年（789年）始創，後經希運、義玄等高僧傳法，至宋時宗風大盛，黃檗山成為臨濟宗道場。清順治十一年（1645年）黃檗山住持隱元在鄭成功幫助下東渡日本弘法，後黃檗派也傳入台灣，左營守備孟大志於康熙二十七年（1688年）於台南燕子建造了黃檗寺，後因無人整修而荒廢。位於台南的開元寺是台灣現存最古老、最著名的佛寺之一，第一位住持來自福建泉州的志中，後任數位住持中有六位到福建學習佛法，此寺初名海會寺，後仿效泉州開元寺等起名法，以唐開元年號為寺名。僧人大多數是鄭成功的遺臣，因不願降清而入寺削髮為僧。位於台灣台南縣枕頭西麓的大仙寺，建於清康熙四十年（1701年），最初為福建僧人參切在此結茅而居，康熙五十八年（1719年）始改為廟字，後歷經多次重修擴建，規模不斷擴大，現已成為台灣南部佛教中心，為台灣最大的佛寺。

　　台灣佛教的派系也大都與福建佛教有密切的關係。清末，台灣佛教經過發展，佛寺遍佈，以開元寺、竹溪寺、法華寺等最為著名。二十世紀五十年代前，台灣正統佛教有四大系統，即大崗山、觀音山、大湖山和月眉山。這四大系統都與福建佛教有著密切關係，如廈門南普陀名僧會泉曾四次赴大崗山龍湖庵講經弘法，傳授佛事的各種唱念與拜萬佛、水陸法事的儀規，並主持了台灣第一次水陸法會。清同治十一年（1872年），福州鼓山涌泉寺僧理明在台北創建凌雲寺，為台灣觀音山派的大本山。民國元年（1912年）福州鼓山涌泉寺僧覺力到台灣苗栗大湖鄉創建法雲寺，為大湖山派的大本山。民國十二年（I923年），福州鼓山涌泉寺僧善智、妙密在台灣基隆月眉山谷創建靈泉寺，為台灣月眉山派大本山。進入二十一世紀的台灣佛教，派系複雜，山頭林立，主要如四大山頭：佛光山、中台山、慈濟功德會、法鼓山；九大門派：大崗門派、月眉山派、開元寺派、法雲圓光派、大仙寺派、觀音山派、萬佛山派、清涼山派、東和寺派；五大團體：國際佛光會、中華佛教青年會、中華佛教居士會、中華佛寺協會、中華佛教護僧協會。這些山頭、門派、團體，都與福建佛教的法脈有著千絲萬縷的關係。僅以最具代表性的四大山頭為例：

佛光山負責人星雲法師一九四九年渡台灣落腳於中壢圓光寺，收留星雲法師的圓光寺開山長老妙果老和尚屬福州鼓山涌泉寺法脈，十九歲時依鼓山涌泉寺僧覺力披剃出家，同年受具足戒後，親近福州鼓山良達禪師多年，並於一九四八年十月邀請在南洋弘法的福建建寧人慈航法師到圓光寺開辦佛學院，收留了一九四九年渡台的祖國大陸學僧，對星雲法師等來自祖國大陸的學僧產生了巨大影響，正如于凌波在《慈航法師與台灣佛學院》中所言：「也虧當年慈老在台，『搶救』了那一批祖國大陸學僧，不然，他們走投無門，很可能為生活所迫，走上還俗之途，那將是佛門重大損失，因為那些學僧，以後都是佛門柱石，為佛教做了重大貢獻。」

中台山負責人惟覺老和尚屬虛雲法脈，虛雲法師出生於泉州，於光緒九年（1883年）在福州鼓山涌泉寺任住持，為近代禪宗代表人物。

慈濟功德會負責人證嚴法師是印順長老的徒弟，而印順長老與福建佛教關係更為密切，他廿三歲時依福建古田人圓瑛受具足戒，一九三一年求法於廈門南普陀閩南佛學院，後又任教於福州鼓山佛學院，於一九三二年任閩南佛學院教師，一九四八年廈門南普陀寺舉辦三壇大戒，被特聘任尊證師，於一九四九年成立大覺講舍於廈門南普陀寺。一九九四年九月六日，印順長老回到闊別四十五年之久的南普陀寺，感慨萬千，欣然命筆：「感三寶深恩重來此地，見一片光明喜樂無量。」

法鼓山負責人聖嚴法師屬圓瑛法脈，正如聖嚴法師於二○○二年十月十三日訪問福州西禪寺時對西禪寺住持趙雄法師所言：「趙雄法師的師傅是明暘長老，我的師傅是白聖長老，明暘長老和白聖長老的師傅都是圓瑛法師，所以我和趙雄法師是師兄弟。」圓瑛法師是福建古田人，出家於福州鼓山涌泉寺，曾於民國十二年（1923年）赴台講經。

台灣的佛教儀禮也大都來自福建，這是因為清代台灣出家人在本島受戒有困難，於是紛紛渡海赴福州鼓山涌泉寺等大叢林受戒，當時受戒時間為每年陰曆四月八日及十一月十七日，鼓山涌泉寺都廣而告之，受戒回台後一切佛教儀禮皆依主廟之制。

　　閩台兩地寺與寺之間關係密切。閩台兩地在修建佛寺時經濟上相互支持，這種經濟支持，以台灣對福建的支持為多，如在二百年前，福州怡山西禪寺的修建，就得到台灣經濟上的大力支持。福州鼓山涌泉寺的妙蓮和尚，曾赴台灣募化，以修建鼓山寺院。台灣不少寺院，除了在寺院名稱、建築佈局、寺院制度等方面與福建寺院相近外，其密切關係還表現在許多寺院是福建寺院的分支，有香火聯繫，如以福建晉江安海龍山寺分支衍傳的龍山寺在台灣有四百九十多座，其中最主要有三座，即：台北萬華區的龍山寺，為台北最古老的寺廟，至今這座山門外還立有石碑，上刻「衍自安海龍山寺」。鹿港的龍山寺，其規模格局與安海龍山祖寺幾乎一樣。被稱為台北「三大廟門」的台北艋舺龍山寺，至今香火鼎盛，曾有香客從晉江安海祖寺恭請觀世音菩薩分靈住台灣。

　　福建僧教育的興盛對台灣僧教育起了推動作用。近代福建僧教育極為發達，一些在閩南佛學院深造或任過課的僧人赴台後，以其豐富經驗，積極創辦佛學院，取得了顯著的效果，如曾求學於閩南佛學院的慈航法師赴台後，創建了台灣第一所佛學院，為台灣僧教育第一人。曾就讀閩南佛學院、又在廈門大學講舍任教的演培法師渡台後任台灣佛教講習會教務主任，還講學於新竹女門學院，並任元亨佛學院院長。曾就讀廈門南普陀養正院的晉江人常覺法師，赴台後任教新竹女眾佛學院、壹同女子佛學院、妙清佛學院、華嚴專宗佛學院、佛光山叢林學院、香光尼眾佛學院等，並任過主嚴佛學院訓導主任，負責過曉光佛學院的工作。這些佛學院教師能開出許多課，與他們早期在閩地的佛學院深造過有關。

　　閩地許多僧人入台定居弘法，大大推動了台灣的佛教。二十世紀四十年代中末，一批閩地名僧入台，後因海峽兩岸阻隔，便定居台灣，積極推動台灣的佛教事業，不少成為台灣佛教界有影響的人物。除了慈航等高僧大德外，有代表性的還有：七歲在福建晉江承天寺出家的晉江人廣欽和尚，曾在泉州清源山潛修七年，一九四六年到台灣，先在基隆仙洞隱居一年，後於台北新讓修建廣明岩、碧潭寺，又建造廣照寺、承天禪寺等，並在樹林廣明寺、台北法華寺、南投仙峰寺、嘉義廣照寺等挂名住持。一九八五年，九十五歲高齡的廣欽老和尚於高雄縣六龜鄉寶來村的妙通寺首次傳戒，報名者共約二千七百人，其中包括出家眾約五百人，為台灣光復後傳戒人數最多的一次。在福建福安福慶寺出家的福安東鄉人凈良，曾在福州鼓山涌泉寺受戒，一九四九年春去台灣，後在台北建彌陀寺，並擔任世界僧伽協會的執行委員、台灣「中國佛教會」常務理事、台北市佛教分會理事長，在台灣佛教界有一定影響，曾代表台灣佛教界出席過一九九○年第十七屆世界佛教徒聯誼會。

　　閩台兩地僧人交往頻繁，大大促進了兩地弘法活動。這種交往主要可分為三個階段：第一階段是一九四九年前。許多閩地名僧前往台灣，如十九歲到福州鼓山涌泉寺出家的虛雲法師曾於一九○六年參訪台灣靈泉寺；十九歲到鼓山涌泉寺出家的古田人圓瑛一九二四年七月應台灣基隆市靈泉寺善慧和尚之邀，在該寺講演，並到台中慎齋堂、台南開元寺講經，八月到台灣新竹金剛寺等處弘揚佛法。這一時期，也有不少台灣學僧赴福建求學，如一九三三年，會泉法師於廈門萬石岩開設佛學研究社時，就有台灣學僧前來求學。弘一大師一九三五年春作於泉州開元寺的《心燦禪師傳》中，贊譽台灣岡山郡湖內莊人、曾居廈門妙釋寺的南山律學苑學員心燦法師一生「沉默謙衝，不露圭角」、「嚴護威儀、英敢放逸」，稱其「高風貞節，蓋亦曠世希有」。第二階段為二十世紀五十年初至七十年代中期。這時期往來不多，一些零星往來主要通過南洋等地中轉。第三階段為七十年代末至今。這一時期的交往有多種形式：

其一是大型活動。二○○二年二月，應台灣佛教界聯合邀請，中國佛教協會副主席、福建省佛教協會名譽會長、南普陀寺方丈聖輝法師率團護送西安法門寺佛指舍利赴台灣供奉，參與赴台的有福建佛教協會副會長兼秘書長本性法師及閩南佛學院部分學僧。

二是法事交流。如一九九八年十一月為例，閩侯雪峰崇聖寺方丈廣霖法師與福州怡山西禪寺院首座傳和法師聯袂赴台進行為期一個月的弘法活動。

三是學術交流。如一九九八年七月，福建佛教協會副會長、福建佛學院院長學誠法師、福建佛學院女眾部副教務長全慧法師、閩南佛學院教務長海如法師與濟群法師等應台北法鼓山中華佛學研究所之邀，作為大陸佛教代表團成員前住台灣進行兩岸佛學教育交流，學誠法師還作了《兩岸佛學教育交流之建議》的發言。與會者參觀了法光佛教文化研究所、華嚴專宗佛學院、桃源縣中壢市圓光佛學院、新竹福嚴佛學院、嘉義縣香光尼眾佛學院、新竹玄奘大學、台北中華佛學研究所等。一九九九年十月，中國佛協副會長、南普陀寺方丈聖輝法師為團長的佛教教育代表團一行二十人赴台參加第二屆兩岸禪學研討會，聖輝法師在會上發表了《略論蕅益大師念佛即禪觀思想——紀念蕅益大師誕辰四百周年》論文，代表們還參訪了福嚴佛學院、玄奘大學、圓光寺等十二個佛教寺院和院校。

四是謁祖尋根。特別福建佛教有許多分庭在台灣，解嚴後，台灣佛教界人士急於返回祖庭尋根。如台灣基隆月眉山靈泉禪寺開山祖師善慧法師在福州鼓山涌泉寺出家，二○○○年四月，現任方丈晴虛法師特蒞涌泉寺訪祖。

五是參訪交流。如二○○二年十月十三日—十四日，台灣法鼓山聖嚴法師帶領有五百多人的參觀團，參訪了福清黃檗寺、福州西禪寺、福州鼓山涌泉寺、閩侯雪峰寺、莆田廣化寺、廈門南普陀寺等。

六是慶典活動。如二○○一年八月，由中國佛協組團，福建佛教協會會長學誠法師、副會長兼秘書長本性法師、副會長如沙法師等應台灣中台禪寺邀請，赴台灣參加「中台禪寺新建工程落成啟用暨佛像升座開光洒凈大典」。由於福建佛教與台灣淵源甚深，因此幾乎福建每個大的慶典，台灣都有人參加。如一九九六年七月，福州鼓山涌泉寺普法方丈升座慶典，台灣組成以兩岸佛教交流委員會主任委員凈良法師為團長的台灣佛教界祝賀訪問團參加；一九九九年七月，福州西禪寺趙雄方丈升座慶典，台灣源靈法師、蓮海法師等率隊參加；二○○一年十月，漳州南山寺普法方丈升座慶典，台灣月眉山靈泉寺住持晴虛法師、淡水妙覺寺方丈慧岸法師、台北東和禪寺方丈源靈法師、台北佛教護僧協會理事長蓮海法師、新店海會寺住持普忍法師、苗栗縣法雲寺當家達芬法師等參加。一些著名寺院的建築落成典禮也有台灣佛教界人士參加，如一九九四年二月南普陀寺舉行禪堂落成慶典，台灣佛教界很多人參加；一九九九年六月，武夷山天心永樂禪寺舉成大殿落成典禮，台灣佛教界有三百多人參加。

七是院校交流。閩南佛學院和福建佛學院在海內外佛教界享有盛譽，台灣僧教育也很興盛，近些年與福建交流頻繁。如早在一九八九年二月，台灣圓光寺教務長惠空法師來福建佛學院講座；一九九○年四月，台灣圓光佛學院院長如悟法師、教務長惠空法師及師生共二十多人來福建佛學院交流。